2010年7月1日，新的《制药工业水污染物排放标准》将在全行业强制实施。2008年8月1日，国家环保部发布的《制药工业水污染物排放标准》(以下简称《标准》)正式实施。这是国家首个专门针对制药工业废水排放发布的环境新标准。《标准》细分为发酵类、化学合成类、提取类、中药类、生物工程类、混装制剂类等类别，并分别制定了标准，同时将启用“单位产品基准排水量”的概念检测企业排放的废水是否达标。生物药和原料药排污标准较以往有很大提高，水污染物排放限值也更为严格，其主要指标均严于美国标准。发酵类企业的COD、BOD和总氰化物排放要求与最严格的欧盟标准相接近，其中COD排放标准降到了120毫克/升。经过两年过渡期，从2010年7月1日所有制药企业均按照《标准》执行。